Como puedo optimizar mi BBDD MySQL?

Esto hace tres cosas:
1. Repara la tabla nombre_tabla si hay rayas borradas o desfragmentadas.
2. Si las páginas de los índices no están ordenadas, las ordena.
3. Si las estadísticasd no están al día, las pone al día.

La frecuencia con que deberías hacerlo depende del uso que hagas de la tabla. Si escribes mucho en ella (insert/delete/update) debes hacerlo frecuentemente (en una tabla de 1 millón de registros yo lo haría al menos una vez por semana); si en cambio no escribes nunca y la tabla es sólo de lectura, no hace falta hacerlo nunca.